Поначалу коллектив было решено назвать "Али-Баба и сорок разбойников", однако уже через год имя группы изменилось. "Наутилусов" в то время было достаточно, и поэт Илья Кормильцев, который написал большинство хитов группы, предложил расширить название до "Наутилус Помпилиус".
В творческой жизни группы было много интересных случайностей. Альбом "Князь тишины" записывался на студии Аллы Пугачевой, и примадонна предложила внести коррективы в песню "Доктор твоего тела": напела Бутусову, каким видит исполнение песни. А звукорежиссер Александр Кальянов записал ее партию и включил в окончательный вариант песни. Так Алла Пугачева стала бэк-вокалисткой группы "Наутилус Помпилиус".
За время существования коллектива менялся не только состав группы, но и стиль музыки: постпанк, готик-, арт- и альтернативный рок. На счету "Наутилус Помпилиус" также много коллабораций с другими музыкантами.
Официально свое существование группа прекратила в 1997 году, в 2000-х происходили разовые воссоединения "Наутилуса".
В день рождения знаменитой группы Sputnik предлагает послушать всеми любимые песни "Нау".