В Беларуси британскую мутацию выявили в начале этой весны. Новый коронавирус нашли специалисты РНПЦ эпидемиологии и микробиологии. А его поисками начали заниматься сразу же, как только стало известно о распространении по миру новых штаммов.
Впрочем, мониторинг за инфекциями в стране шел и в докоронавирусные времена: каждую циркулирующую в стране инфекцию постоянно изучали и держали на контроле, передавая данные во всемирную систему мониторинга.
О том, как был найден новый британский вариант в Беларуси и почему мутируют вирусы, Sputnik расспросил заведующую лабораторией диагностики ВИЧ и сопутствующих инфекций РНПЦ эпидемиологии и микробиологии Елену Гасич.
База данных для коронавируса
До этого коронавирусы в Беларуси были – сезонные, занимали небольшой процент в структуре острых респираторных инфекций. В стране насчитывалось 4 типа коронавируса, которые циркулировали с осени по весну и не вызывали серьезных заболеваний и опасений. Но это не значит, что наблюдения за разного рода инфекциями стали проводиться в стране лишь с приходом пандемии.
Информация обо всех известных миру вариантах нового коронавируса сейчас собирается в единую базу. Попадает туда информация и из Беларуси. Раньше подобная база данных существовала лишь для вирусов гриппа, позже на ее платформе была создана отдельная, под SARS-CoV-2.
На сегодня там почти 900 тысяч различных геномных последовательностей со всех уголков планеты – все известные миру мутации коронавируса.
"Вообще коронавирус не очень изменчив: ученые со всего мира прогнозировали, что значительной эволюций вируса не произойдет. Изначально появились "несерьезные" новые мутации, но природа преподнесла очередной сюрприз: ряд последующих мутаций привел к появлению вариантов с усилением заразности (британский, южноафриканский, бразильский, индийский и другие)", – объясняет Елена Гасич.
На основании этих мутаций в различных участках генома вируса и происходит разделение вирусов на новые, которые важно отслеживать.
Как изучают коронавирус
Первые положительные образцы от заболевших коронавирусом из Беларуси были отправлены в ВОЗ для подтверждения правильности полученных результатов и секвенирования. Результаты показали: это был абсолютно "начальный" вариант коронавируса, приведший к пандемии, – сейчас такой уже не циркулирует. Со временем вирус менялся.
"Потом стали происходить интересные вещи: начали накапливаться и появляться новые замены в геноме. И сегодня мы говорим о восьми генетических линиях – разных изменениях генома. И последняя из них, к которой относится британский вариант, была описана в начале весны. Уже 10 марта в Беларуси нашли британский штамм", – рассказывает Елена Гасич.
Получить геном – процедура достаточно сложная. Секвенирование – это расшифровка генома, когда ученые смотрят последовательность и расположение в нем нуклеотидов. Почему это важно? На основе этих данных, во-первых, строится вся диагностика: если существующие уже праймеры (реагенты "для поиска") использовать на том вирусе, где уже произошли серьезные замены в геноме, то такой образец тест-системы уже не распознают.
Во-вторых, это важно для эпидемиологического контроля: можно отслеживать, когда коронавирус был занесен в страну, как распространялся. И, конечно же, при создании и изменении вакцин.
Антитела вырабатываются на определенные антигены: если происходит замена в участках вируса, они могут перестать эффективно работать, поэтому со временем, возможно, существующие вакцины от коронавируса тоже придется слегка менять. Как это происходит сейчас с вирусом гриппа: меняют составляющие вакцин на основе прогноза международных экспертов о том, какой штамм будет циркулировать в нынешнем сезоне.
Глубоко изучив структуру вируса, можно получить очень много информации. Например, узнать из какой части мира был завезен данный образец, как он эволюционировал, где "путешествовал", потому что в каждом регионе постепенно начинают появляться собственные варианты и мутации.
"Аналогичное явление мы наблюдали, когда проводили исследования по ВИЧ и гепатитам B и C: если происходит занос вируса и он начинает распространяться в стране, то со временем он уже группируется в отдельные эволюционные группы. Например, у нас есть такие "белорусские" вирусы. Примерно то же самое происходит и с коронавирусом", – объясняет Елена Гасич.
Коронавирусные мутанты
Одни замены в геноме не приводят к изменениям свойств вируса. Но иногда появляются и значимые мутации. В случае с коронавирусом первая из них произошла в мае прошлого года, когда в Европе появился новый вариант, который быстрее распространялся.
Второй случай – мутация от норок: человек заболел, передал вирус животным, он видоизменился внутри их организма и снова переключился на человека. Такие межвидовые мутации очень опасные.
"В декабре 2020 года услышали про британский штамм. И сейчас он замещает ранее циркулирующие варианты коронавируса. К примеру, уже до 90% этого штамма циркулирует в Великобритании. Сегодня уже немало существенных мутаций: южноафриканский штамм, бразильский, индийский… Помимо того, что они быстрее распространяются, там есть еще одна значимая замена в геноме, которая позволяет ускользать вирусу из-под иммунного ответа: у человека есть антитела, но их не хватает для полной нейтрализации вируса", – говорит Елена Гасич.
А недавно стало известно и о филиппинских, нигерийских мутациях. Они тоже значимые: либо вирус более эффективно распространяется, либо проявляет "вакциноускользающие" свойства. Поэтому производители постоянно контролируют возникающие мутации, чтобы вовремя скорректировать вакцины.
Почему мутирует коронавирус?
Что интересно, коронавирус в два раза менее изменчив, чем вирус гриппа, но в 4 раза более изменчив, чем ВИЧ. Один из факторов, который влияет на мутации, – его быстрое распространение: чем больше у вируса хозяев, тем больше будет происходить изменений в геноме.
"Все новые варианты не просто так появляются: обычно они возникают у пациента с очень длительным течением заболевания. Вирус мутирует в организме человека и передается дальше. Связано это и с пациентами с длительной иммунной супрессией: человек может лечиться от коронавируса месяцами. Именно у таких пациентов на фоне ослабленного иммунитета формируются мутации", – объясняет Елена Гасич.
Сейчас в стране начато масштабное исследование: кто знает, возможно, у нас есть своя, белорусская мутация. В РНПЦ эпидемиологии и микробиологии хранятся все когда-либо исследованные образцы с самого первого дня появления у нас коронавируса. Есть возможность вернуться к их изучению, чтобы провести полномасштабное исследование.
"На самом деле, никто не ожидал, что вирус задержится надолго: все думали, что он, как MERS и SARS, уйдет в никуда. Но так не произошло практически ни в одной стране мира", – говорит Елена Гасич.
Как выявили британский штамм в Беларуси?
Конечно, британская мутация не могла обойти стороной и Беларусь. Поэтому, как только пошла информация о распространении нового штамма, в республике тоже началась работа по его выявлению.
В декабре Минздрав поставил задачу наладить скрининг пациентов, приехавших из-за границы и имеющих положительный ПЦР-тест на коронавирус. В РНПЦ эпидемиологии и микробиологии пошли двумя путями.
"Мы сделали свою тест-систему в режиме реального времени, которая может выявлять британский штамм. Нет необходимости проводить полное геномное исследование, когда ты знаешь, где прячется британская мутация. И когда с помощью нашего набора реагентов увидели, что несколько таких образцов есть, провели частичное секвенирование – выделили участки генома (S-участок белка), для которых характерны такие мутации", – рассказывает Елена Гасич.
Так подтвердили, что выявленная мутация – британская. А уже потом провели полное геномное секвенирование: когда получили полную последовательность, сведения о британском штамме из Беларуси опубликовали в международной базе данных.
Сейчас стоит задача таким же образом выявлять южноафриканский и другие новые штаммы, которые вскоре могут появиться и у нас – это просто вопрос времени.
Нужна ли отдельная статистика по британскому штамму?
Конечно, чтобы понимать, какую долю в общем коронавирусе занимает британская мутация, нужно делать скрининг всех образцов. Но такой задачи нет, потому что нет необходимости в принятии новых мер. Рекомендации и подходы остаются те же: масочный режим, социальное дистанцирование, соблюдение других мер безопасности.
"На данный момент про британский коронавирус много противоречивых данных. Одни ученые говорят, что вирус просто эффективней распространяется, другие – что течение заболевания более тяжелое, а летальность – более высокая. Информация разная", – приводит данные Елена Гасич.
Мифы о повторном заражении коронавирусом
В мире, да и у нас, известно о случаях повторного заражения коронавирусом. Но чтобы иметь более полную информацию о "живучести" антител и особенностях иммунитета, требуются более глубокие исследования.
"Здесь не все так просто: чтобы делать выводы, надо исследовать две пробы пациента – первого случая заболевания и второго. В ряде стран уже опубликованы статьи о секвенировании таких проб от пациентов, которые болели дважды в разные периоды. По имеющимся данным, это было два разных генных варианта коронавируса", – рассказываем Гасич.
Сколько сейчас известно мутаций?
Сейчас количество накопленных мутаций насчитывает около 40 тысяч различных вариантов вируса. Не все они серьезные, но изучается каждая: важно вовремя увидеть, если вирус проявит новые свойства.
"Вирус, конечно, изменился. Возможно, со временем вакцины придется дорабатывать. Но на сегодня нет таких мутаций, которые бы привели к неэффективности существующих вакцин. Процесс динамичный, за этим надо постоянно наблюдать, вот почему специалисты со всего мира работают вместе: новые варианты могут возникнуть в любой точке и быстро попадают в другие страны", – говорит Елена Гасич.